农场污水主要由残余粪便、饲料残渣和冲洗水组成，一些工厂还包括生产过程中产生的生活污水。前者是主体，冲洗水占绝大多数。农场污水的水质特征与畜禽舍的结构、粪便的清洗方式、冲洗水的使用、饲料营养、畜禽的消化功能和生产管理有关。由于水产养殖的粪便中含有大量的氮、磷、悬浮物、致病菌、重金属元素和兽药残留，如果这些污染物得不到妥善处理，一旦进入自然水体和农田将会造成严重的环境污染。

水产养殖污水属于富含大量病原体的高浓度有机污水，直接排入进入水体或存放在不合适的地方，被雨水进入水体冲刷，可能导致地表水或地下水水质严重恶化。由于畜禽粪便的强淋溶作用，粪便中氮、磷和水溶性有机物的淋溶量非常大。如果处理不当，地下水将受到地表径流和渗透的污染进入。

对地表水的影响主要表现在：水中含有大量有机物进入后，有机物的分解会消耗大量水中的溶解氧，使水发臭;当水中的溶解氧大大减少时，大量的有机物在厌氧条件下会继续分解，分解过程中会产生甲烷和硫化氢等有毒气体，导致大量水生生物死亡。

污水中大量的悬浮固体会使水浑浊，降低水中藻类的光合作用，限制水生生物的正常活动，使对有机污染敏感的水生生物逐渐死亡，从而进一步加剧水体底部的缺氧，降低水体的同化能力;氮和磷会使水体富营养化。由于富营养化，水体中硝酸盐和亚硝酸盐的浓度会过高。如果人和动物长时间饮用它，会引起中毒。一些有毒藻类的生长和大量繁殖会向水体排放大量毒素，导致大量水生动物死亡，从而严重破坏水体的生态平衡。粪便和尿液中的一些细菌和病毒随水流动，这可能导致一些流行病的传播。

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