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医院污水是指医院（综合医院、专业病院及其它类型医院）向自然环境或城市管道排放的污水。其水质随不同的医院性质、规模和其所在地区而异。医院污水中所含的主要污染物为：病原体（寄生虫卵、病原菌、病毒等）、有机物、漂浮及悬浮物、放射性污染物等。

医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。

一级强化处理，对于综合医院(不带传染病房)污水处理可采用“预处理→一级强化处理→消毒”的工艺。

二级处理工艺流程为“调节池→生物氧化→接触消毒”。适用于传染病医院(包括带传染病房的综合医院)和排入自然水体的综合医院污水处理。

简易生化处理工艺的流程为“沼气净化池→消毒”。作为对于边远山区、经济欠发达地区医院污水处理的过渡措施，逐步实现二级处理或加强处理效果的一级处理。